Inisiatif untuk mendirikan lembaga pengelola Zakat di Kabupaten Cirebon berawal dari sebuah seminar yang digagas oleh KH. Abu Bakar Thoha pada tahun 1972. Seminar yang membicarakan potensi zakat dalam meningkatkan kesejahteraan Umat ini diikuti oleh kalangan akademisi kampus, tokoh agama, dan ulama pimpinan pondok pesantren di Kabupaten Cirebon. Seminar ini menghasilkan rekomendasi kepada Pemerintah Daerah Kabupaten Cirebon dan Pemerintah Provinsi Jawa Barat untuk membentuk lembaga pengelola zakat sesuai dengan kewenangan masing-masing. Mengacu pada rekomendasi ini dan dalam waktu yang tidak terlalu lama, Kepala Daerah Kabupaten Cirebon menerbitkan Surat Keputusan tentang pembentukan Badan Amil Zakat Daerah (BAZDA) Kabupaten dan menunjuk langsung Bapak Kholis Santoso yang saat itu menjabat sebaga Sekretaris Daerah (SEKDA) Kabupaten Cirebon sebagai ketua BAZDA Kabupaten Cirebon.

Sejak saat itu, kepemimpinan Badan Amil Zakat kabupaten Cirebon terus mengalami pergantian. Nama lembaganya pun berubah-rubah seiring dengan perubahan peraturan yang mengaturnya, dari yang semula BAZDA, menjadi Badan Amil Zakat, Infaq dan Sedekah (BAZIS) dan kemudian Badan Amil Zakat (BAZ). Dengan diberlakukannya Undang-Undang No 23 tahun 2011 tentang Pengelolaan Zakat yang mencantumkan nama BAZNAS untuk lembaga pengelola zakat yang dibentuk oleh pemerintah dan LAZ untuk lembaga swasta, Badan Amil Zakat Kabupaten Cirebon pun mengalami penyesuaian dan merubah namanya menjadi BAZNAS Kabupaten Cirebon.